نحوه صعود و سقوط تیم ها در مرحله نهایی لیگ دسته سوم در فصل ۹۹/۰۰ اعلام شد
با اعلام امیرحسین فراهانی مسئول برگزاری رقابت های لیگ دسته سوم کشور بر اساس مصوبه هیات رئیسه فدراسیون و سازمان لیگ نحوه صعود و سقوط تیم ها در مرحله نهایی لیگ دسته سوم در فصل ۹۹/۱۴۰۰ به شرح ذیل اعلام شد؛
۱. در پایان مسابقات مرحله نهایی لیگ دسته سوم تیم های اول هر گروه (مجموعا ۳ تیم) به صورت مستقیم مستقیم به رقابت های لیگ دسته دوم باشگاه های کشور فصل آینده صعود خواهند کرد.
۲. در پایان مسابقات مرحله دوم لیگ سه؛ تیم های دوم هر گروه (مجموعا ۳ تیم) به همراه بهترین تیم سوم گروه ها به مسابقات پلی آف صعود خواهند کرد. که در پایان مسابقات پلی آف یک تیم به لیگ دسته دوم صعود خواهد کرد.
۳. تیم های چهارم ، پنجم و ششم هر گروه (مجموعا ۹ تیم ) به همراه ۲ تیم سومی که جواز. حضور در مرحله پلی آف را دریافت نکردند و همچنین ۳ تیمی که در پایان مسابقات مرحله پلی آف لیگ دسته سوم (ذکره شده در بند ۲) جواز حضور در مسابقات لیگ دسته دوم فصل آتی را کسب نکرده اند، در مسابقات مرحله دوم لیگ دسته سوم در فصل آتی حضور خواهند داشت.
۴. دو تیم برتر از بین تیم های رتبه هفتم جدول های رده بندی نهایی در مرحله دوم (۲ تیم از ۳ تیم) نیز جواز حضور در مرحله دوم لیگ دسته سوم در فصل آتی را کسب خواهند کرد. و تیم هفتم باقی مانده (ضعیف ترین تیم هفتم جدول رده بندی مسابقات) به مسابقات مرحله اول لیگ دسته سوم در فصل آینده سقوط می کند.
۵. تیم های رده هشتم لغایت رده دهم جدول رده بندی نهایی (مجموعا ۹ تیم) به مسابقات مرحله اول لیگ دسته سوم در فصل آتی (۱۴۰۰-۱۴۰۱) سقوط می کنند.